微量元素包括硼、锌、钼、铁、锰、铜等营养元素。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物的生长发育的作用与大量元素是同等重要的，当某种微量元素缺乏时，作物生长发育受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面，微量元素过多会使作物中毒，轻则影响产量和品质，严重时甚至危及人畜健康。随着作物产量的不断提高和化肥的大量施用，对微量元素肥料的施用逐渐迫切。在微量元素肥料中，通常以铁、锰、锌、铜的硫酸盐、硼酸、钼酸及其一价盐应用较多。
缺锰：作物缺锰首先表现叶肉失绿，叶脉仍为绿色，禾本科作物为平行叶脉，失绿小片为长条形，双子叶植物为网状叶脉，失绿小片为圆形。叶脉间的叶片突起，使叶子边缘起皱。严重时失绿小片扩大相连，叶片上出现褐色斑点，甚至烧灼显现，且停止生长。
缺锰：作物缺锰首先表现叶肉失绿，叶脉仍为绿色，禾本科作物为平行叶脉，失绿小片为长条形，双子叶植物为网状叶脉，失绿小片为圆形。叶脉间的叶片突起，使叶子边缘起皱。严重时失绿小片扩大相连，叶片上出现褐色斑点，甚至烧灼显现，且停止生长。
缺锌：作物缺锌玉米最敏感。突出的特点是植株矮小，节间缩短，幼苗新叶基部变薄、变白变脆，呈半透明状继而向叶缘扩张，被风吹时易撕裂破碎，呈白绿相间的颜色，所以又称“白花苗”，严重时叶梢由红变褐，整个叶片干枯死亡。苹果、柑桔、梨、桃等果树缺锌时，叶片基部叶脉失绿，间节短，叶片小，丛生呈簇状，俗称“小叶病”。
缺硼：作物缺硼，不同作物出现的症状有所不同，严重缺硼时，在一些敏感的部位会出现一些共同的症状。植物缺硼，生长点受阻，节间变短，植株矮化，顶端枯萎，并有大量腋芽蔟生，叶片不平整，易变厚变脆，卷曲萎缩，叶柄短粗甚至开裂。缺硼使作物花少而且小，结实率或坐果率降低，空壳率高，甚至出现“花而不实”的现象。以豆科和十字花科植物以及甜菜、马铃薯、甘薯等根系作物对硼敏感，需要量较大。
缺铁：作物缺铁时，茎叶叶脉间失绿黄化（铁在作物体内不可移动），严重时，整个新叶变黄，叶脉也逐渐变黄，最后几乎变白。老叶子也表现出叶脉黄化的病症，叶缘或叶尖出现焦枯及坏死，继续发展则叶片脱落，植株生长停滞并死亡。
缺铜：作物缺铜，叶片容易缺绿，从叶尖开始，叶尖失绿，干枯和卷曲，禾本科植物症状基本相似，叶尖呈灰黄色，后变白色，分蘖多但不抽穗或穗很少，穗空发白，植株矮小顶枯和节间缩短象一丛草，严重时颗粒无收。果树林木易顶梢枯死。
缺钼：作物缺钼以豆科原肥最为敏感，一般症状首先表现在老叶上，叶片叶脉间失绿。形成黄绿或桔红色的叶斑，严重时茎软弱，叶尖灰色，叶缘卷曲，凋萎以致坏死，继而向新叶发展，有时生长点死亡。豆科作物的根瘤小而色淡，发育不良，开花结果延迟。
