影响花椒的病虫害种类繁多，病害主要有花椒锈病、落叶病、炭疽病、煤污病、流胶病、溃疡病、枯梢病、枝枯病、黑胫病、叶斑病等。
花椒害虫很多，约有130多种，主要分为根部（杂食性）害虫：地老虎类、金龟子类、木蠹蛾类等，干部害虫主要有窄吉丁、天牛类、蚧壳虫、长足象、蜗牛、蚜虫等，食叶害虫主要有花椒跳甲、大袋蛾、樗蚕、尺蠖、木撩尺蛾、刺蛾、花椒风蝶、斑衣蜡蝉、红蜘蛛、蜗牛、蚜虫等，果实害虫：主要是蚜虫、花椒跳甲、潜跳甲等。
花椒的病虫害防治应坚持预防为主，综合防治的原则，加强树体和土壤管理，破坏病虫的生长环境；大力保护天敌，积极利用生物防治技术。在病虫害大面积发生时合理施用农药，并尽量使用生物制剂等新型无公害、环保型农药。同时必须注意在花椒成熟前30天内禁止使用农药。
花椒病虫害防治除了我们常说的生物防治、以虫治虫，优化生态环境等措施，但最重要也是绝对绕不开的一个环节就是使用农药（杀虫剂、杀菌剂），因此在这里有必要把农药（杀虫剂、杀菌剂）的分类和属性予以介绍，以便椒农朋友在进行化学防治时，能够心中有数，知道那是长效药、那是短效药，那是杀虫药、那是杀菌药，我的花椒树得的是啥病，该喷哪一种药，如何进行杀虫剂、杀菌剂的组配，才能达到最佳的防治效果。
杀虫剂主要分为有机磷类（甲胺磷、甲基对硫磷、毒死蜱、氧化乐果等）、拟除虫菊酯类（溴氰菊酯、氯氰菊酯、甲氰菊酯等）、氨基甲酸酯类（甲萘威、灭多威、克百威等）、沙蚕毒素类（杀螟丹、杀虫单、杀虫环等）、烟碱类（吡虫啉、噻虫嗪、啶虫脒等）、生物源类（阿维菌素、多杀菌素、弥拜菌素等）、苯甲酸脲类（氟虫脲、氟苯脲、氟啶脲等）、有机氯类（硫丹、三氯杀螨醇、林丹等）。
有机磷杀虫剂是最常用的农用杀虫剂，具有广谱杀虫作用，对蜱、螨、虫类等有杀灭作用，兼有触杀、胃毒和熏蒸等不同的杀虫效果，气温高时药效好，其杀虫机理是抑制胆碱酯酶活性，多数属于高度或中毒类，对人畜毒性较大，建议慎重使用。
拟除虫菊酯类杀虫剂是一种神经毒剂，作用于神经膜，可改变神经膜的通透性，干扰神经传导而产生中毒，多属中低毒性农药，对人畜较安全。
氨基甲酸酯类杀虫剂属于胆酰酯酶抑制剂，多数品种速效，残留期短，选择性强，对叶蝉、飞虱、蓟马防治效果较好。有的品种毒性较强。
沙蚕毒素类杀虫剂是人类开发的第一类动物源杀虫剂，用于防治食叶性、钻蛀型害虫，有良好的防治效果。
烟碱类杀虫剂作用于害虫的乙酰胆碱酯酶受体，与常规杀虫剂没有交互抗性，具有高效、广谱及良好的根部内吸性、触杀和胃毒作用，对环境安全。
苯甲酰脲类杀虫剂主要成份是苯甲酰基脲类化合物，全称为苯甲酰基苯基脲类杀虫剂，是一类能抑制靶标害虫几丁质合成而导致其死亡或不育的昆虫生长调节剂，被誉为第 3 代杀虫剂或新型昆虫控制剂，杀虫广谱，能防治鳞翅目、鞘翅目、同翅目等许多农业害虫及双翅目的蚊蝇等卫生害虫。
有机氯类杀虫剂是以碳氢化合物为基本架构，并有氯原子连接在碳原子上，同时又有杀虫效果的有机化合物。大多数有机氯杀虫剂具有生产成本低廉，在动植物体内及环境中长期残留的特性。此类化合物具有优良的杀虫效果，在第二次世界大战后很快就成为最常用的主要杀虫剂。有机氯杀虫剂流行了约二十五年之久，也因此成为世界上最常见的环境污染物之一。
杀菌剂主要有多菌灵、波尔多液（无机铜素杀菌剂）、石硫合剂、代森锰锌（广谱保护性杀菌剂）、苯醚甲环唑（内吸广谱杀菌剂）、嘧菌酯（线粒体呼吸抑制剂）、异菌脲（广谱性接触杀菌剂）、甲基硫菌灵（广谱性内吸杀菌剂）、吡唑醚菌酯（高效线粒体呼吸抑制剂）、溴菌腈（广谱、高效、低毒杀菌剂）等。
农药混用原则，一般遇碱性物质易分解失效的农药，不能与碱性农药混用。可引起药害的药剂也不能混合使用，有少数农药混合后可起到增效作用。例如，乐果（中性）与碱性杀菌剂混用，药效不仅不会受到影响，反而会略有提高。
不同类型的杀虫剂、杀菌剂要交替使用，长期单一使用的药剂（主要是内吸性药剂），会使病虫产生抗药性，使药剂常规用药量无效，增加防治难度。为了避免抗药性的产生，要交替使用不同类型的药剂，如内吸性药剂和传统药剂混合使用等。
喷药量要适当，施药量过少，不能对花椒植株各部位进行周密的保护；过多则易造成药害并造成浪费。施药要雾点细匀，喷布均匀，对植株的正面、反面都要喷到。
花椒病虫害种类繁多，危害症状各不相同，对于每一种病害、虫害都有具体的防治措施，鉴于本文篇幅有限，不再一一赘述，下面就简单就花椒全年病虫害防治给出一个综合方案，仅供各位椒农朋友参考，也请各位专家老师不吝指正。
1、秋冬季花椒清园 花椒落叶前后，将花椒的病枝、枯枝和园内杂草清除出园，选择合适地方进行焚烧，从而减少病虫害基数。结合秋季深翻，施入适量杀虫、杀菌剂，杀灭越冬的病原菌和越冬害虫的卵、幼虫、蛹、成虫。用石硫合剂对花椒园进行全方位喷施，也可选用大清园、毒死蜱配合清园，杀灭地表、树体上、草丛中的各类病原菌和害虫。
2、春季花椒萌发前，惊蛰前后再次用杀虫剂、杀菌剂对花椒园进行全方位喷施，杀灭刚刚萌动的各类病原菌及越冬害虫。
3、对发现树干上的窄吉丁、花椒天牛、木蠹蛾、蚧壳虫的危害性状要及时用刀刮去或剪去危害枝，并清除出园；及时涂抹防治药物。
4、花椒蚜虫是一种易爆发、难防治的花椒害虫，一个生长周期内要进行数次防治，一般15--20天防治一次；要结合花椒蚜虫防治，采用综合性的防治办法，兼防花椒其它病虫害。
5、花椒采收后，结合秋季叶面肥喷施，配入杀虫剂、杀菌剂，杀灭花椒凤蝶、尺蠖、蜗牛、樗蚕、斑衣蜡蝉等害虫，兼防花椒落叶病、黄叶病、锈病、炭疽病、煤污病等花椒病害。
6、花椒综合防治的药剂配方要杀虫剂、杀菌剂和生物微肥和叶面生长剂综合配合，长效与速效配合，以提高综合防治效果。
7、冬季有水利条件的可以冬水漫灌，能有效降低病虫害基数。
